科学网[学术]小观念大错误：对homolog ortholog, paralog的领略

       一天，和Joan（我在美国的导师）接头题目，她溘然问我“homolog”与“ortholog”有什么区别，我一听认为是个很简朴的题目，可是支支吾吾半天壹贝偾表明个了或许，仅仅逗留在本身所知道的表层上面，并且很不专业。但其时我们三小我私人接头了一下，好像是弄懂了。桌子上信手涂鸦的草纸堆了一沓了，很不整洁，我本日规划把它们扔进垃圾桶，却又饶有乐趣地一张张地翻看起来，已往一段时刻的事变场景溘然像放影戏似的从脑海显露。我突然从一堆潦草的字句间看到了其时Joan写的这几个单词，抉择照旧把书面表明弄清晰一些。

各人请看下文：

１. Homolog: A gene related to a second gene by descent from a common ancestral DNA sequence. The term "homolog" may apply to the relationship between genes separated by speciation (ortholog), OR to the relationship betwen genes originating via genetic duplication (see paralog).

     译文　同源（基因）：指遗传上来自于某一配合祖先DNA序列的基因。“同源”包括两种环境，一是物种间的同源（ortholog）；另一种是统一物种内因为基因复制、疏散导致的同源（paralog）。

2. Ortholog: Orthologs are genes in different species that have evolved from a common ancestral gene via speciation (1). Orthologs often (but certainly not always) retain the same function(s) in the course of evolution (2). Thus, functions may be lost or gained when comparing a pair of orthologs.

       译文　直系／直向／垂直同源（基因）：指位于差异的物种间的，在物种形成进程中源自某一配合祖先的基因［１］。从进化的角度来看，这类基因凡是具有沟通的成果，但并非绝对［２］。以是，当我们较量一对直系同源基因时，也许会发明有的已经损失了固有的成果可能进化出了新的成果。

       3. Paralog: Paralogs are genes produced via gene duplication within a genome (1). Paralogs typically evolve new functions or else eventually become pseudogenes.

       译文　旁系／横向／并行同源（基因）：指在一个特定的基因组中因为基因复制发生的同源［１］。凡是较量这些基因时，它们也许已经互相具有了新的（差异）成果，也也许已经成为假基因了。

综上所译，homolog包罗ortholog和paralog两种范例。从这里我们可以举例声名，譬喻人的S100A8基因与猪的S100A8基因即为orthologs。人的a球卵白和b球卵白基因即为paralogs。必要增补的是，人的a球卵白和鼠的b球卵白基因也为paralogs。

关于这三个观念的更直观图示如下:

（来历:html)

其它，我在看海内许多中文的文章时，发明许多几何人“相似性”和“同源性”不分，譬如A基因与a基因的同源性为９０%。我小我私人差异意这种说法，可以说成A基因与a基因的“相似性”为９０%，进而展望，A基因与a基因“同源”。以是，“相似性”突出量的描写，“同源”无“性”，应该是“质”的观念。但许多人乃至一些很新的课本上如故这样说，是不是会误人后辈呢？

References: 

1. Fitch WM (1970) "Distinguishing homologous from analogous proteins". Syst Zool, 19:99-113.

2. Li WH, Yang J, Gu X (2005) "Expression divergence between duplicate genes". Trends Genet, 21:602-607.

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§文中大部门译文为本作者本身由英文原句翻译。不妥之处，敬请指正！

                                                                                                            2009.12.24